Entiéndase por aguas negras, las aguas que tienen un color ámbar oscuro característico. Este tono negro es debido a la cantidad de materia orgánica vegetal en descomposición  y son aguas que contienen altas concentraciones de ácidos húmicos. Son muy pobres en nutrientes, pero extremadamente puras. Según Galvis Germán, Mojica Jose Ivan, Camargo Mauricio. (ref. 7)  no tienen vegetación acuática sumergida ya que el color oscuro, de sus aguas,  no permite el paso de los rayos solares. En sus riberas se encuentra abundante vegetación acuática enraizada  y plantas acuáticas flotantes.