El filtro se puede limpiar en cada mantenimiento del acuario o cada 2, 3, 4, 5 o seis mantenimientos: todo depende de la capacidad de filtración, tamaño del filtro con relación al acuario, de la cantidad de peces que se tengan, cantidad de comida que se les de a los peces, y de si el acuario tiene plantas.
Es una práctica común desechar cada vez que se limpia el filtro, la guata o la espuma. Esta practica es errada, porque en la guata y en la espuma se alojan gran cantidad de bacterias nitrificantes (esenciales para mantener el agua del acuario en excelente condición) y al botarlas nos estamos deshaciendo de las bacterias que están allí alojadas.
Cuando se van a limpiar los materiales que se han puesto dentro del filtro, como son guata, esponjas y piedras, se debe hacer con agua del acuario, nunca con agua de la llave, ya que el cloro matará las bacterias, y jamás echar jabón a nada que tenga que ver con el acuario.
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